[LDOCT] Visita à UFSCar e curso de pós-graduação do Prof. Dr. Julian Dupuis, Univ. Kentucky

[pggen USP]

Prezados Professores e Alunos

A pedido do Coordenador do Programa Professor Doutor Klaus Hartmann
Hartfelder, repasso para conhecimento.

 Caras e caros colegas,

É com grande prazer que informo que estaremos recebendo meu colega e
colaborador Julian Dupuis, do Dept. de Entomology da Univ. of Kentucky em
Lexington para uma visita à UFSCar de 25/11 a 14/12/23, financiada pelo
programa PRINT/CAPES e com apoio do CCBS e do PPGGEv. O Dr. Dupuis tem PhD
em Systematics and Evolution pela University of Alberta 2016, em que
trabalhou com análise filogenética e genômica evolutiva de borboletas e foi
professor junior da Univ. do Hawaii em Manoa por 3 anos. Desde 2019 é
professor assistente do Departamento de Entomologia da Univ. de Kentucky em
Lexington, e curador da coleção entomológica da Univ. do Kentucky.

Seu interesse geral é em especiação e sistemática de insetos usando uma
abordagem integrativa com uma grande ênfase na produção e análise de dados
genômicos. Mais especificamente, sua pesquisa concentra-se em muitas
facetas da sistemática e evolução de insetos, que de uma forma global visa
compreender a dinâmica e os mecanismos pelos quais a biodiversidade surge e
é mantida na natureza. Muito embora ele tenha as borboletas como sua
principal paixão, tem expandido seu interesse recentemente para
moscas-das-frutas, que é motivo de nossa colaboração e alguns projetos de
interesse mútuo. Mais informações sobre seu grupo e linha de pesquisa podem
ser obtidas no seu site (https://julianrdupuis.com/).

Durante sua visita à UFSCar, entre outras coisas, ele ministrará uma
disciplina teórico/prática sobre filogenômica e genômica populacional, cuja
ementa está sumarizada abaixo:

Curso Tópicos Especiais em Genética Evolutiva e Biologia Molecular II:
Integrative Taxonomy Using Population Genomics And Phylogenomics

Período – 27/11 a 01/12/23 - PPGGEv

1.       Basic skills in Linux and computer clusters

2.       Data management practices and shell scripting basics

3.       Data formats for population genomic and phylogenomic data

4.       Common approaches to produce population genomic/phylogenomic
datasets

5.       Understanding genome assemblies and mapping raw sequencing reads

6.       Population genomic analyses in R (data filtering, descriptive
statistics, population clustering)

7.       Practice on skills development using widely used unix-based
analysis pipelines and the R programming language

8.       Project Development and analysis

Esse curso deve ter aulas teórico/práticas de manhã e desenvolvimento de
projetos no resto do dia. Preferencialmente, os alunos poderão analisar
seus próprios dados, mas podem também analisar dados fornecidos por nós.

Peço que nos ajude a disseminar esse curso a quem puder se interessar. A
matrícula na disciplina deve estar aberta à partir da semana que vem no PPGGev
(ppggev em ufscar.br). Caso queiram conversar com o Julian, tenho certeza que
ele terá grande prazer em saber com o que trabalha. Fique à vontade para
escrever diretamente tanto para ele (julian.dupuis em uky.edu) ou para mim.

Att,

Reinaldo A de Brito
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