[LDOCD] Reestruturação do Departamento de Genética e Demandas Técnicas

[Thiago Yukio Kikuchi Oliveira]

Prezados,

Desculpem a demora, mas como estou de afastamento e fora do Brasil, só
consegui responder esse email agora.

Conforme a mensagem de 02/09, segue o levantamento das demandas técnicas do
meu laboratório, com base nas metodologias dos meus dois projetos de
pesquisa que foram submetidos.

1. Projeto HBV FAPESP/NSFC (Temático, proc. 2025/25143-6)
Imunoprofiling single-cell multi-ômico de infecção crônica por HBV. Coorte
brasileira (60 pacientes, FMRP/HCFMRP) + coorte chinesa (SJTU), com 12
controles saudáveis.

Experimentos e metodologias:
1. Coleta de sangue periférico, isolamento de PBMC por gradiente de
densidade (Ficoll) e criopreservação (-86°C / N2 líquido);
2. Sorologia e virologia molecular: HBsAg quantitativo, anti-HBs, HBeAg,
carga viral HBV DNA (PCR quantitativo), HBV RNA e HBcrAg
(ELISA/quimioluminescência);
3. Genotipagem de HBV (RT-PCR + Sanger);
4. Enriquecimento magnético de linfócitos B (CD19 MicroBeads, colunas LS,
Miltenyi);
5. Citometria de fluxo analítica e preparatória (FACS sorting): painel de 7
anticorpos, detecção de linfócitos B específicos para HBsAg com HBsAg
recombinante biotinilado + streptavidina fluorescente (protocolo STAR
Protocols 2020, Wang et al.);
6. Single-cell multi-omics em 10x Genomics Chromium: scRNA-seq 5' + VDJ BCR
+ VDJ TCR + CITE-seq (TotalSeq-C Human Universal Cocktail);
7. Sequenciamento em larga escala (Illumina NovaSeq, ~132 amostras + 12
controles).

2. Projeto TETHER (T-B coupling em centros germinativos)
Estudo do acoplamento entre linfócitos T foliculares helper e maturação de
afinidade de linfócitos B em tecido linfoide humano, com parceria clínica
no HCRP (Profs. Anselmo-Lima, Valera, Tamashiro e Proença-Módena).

Experimentos e metodologias:
1. Dissociação de amígdalas humanas em suspensão de células únicas (e PBMC
de sangue periférico);
2. CITE-seq + scVDJ em 10x Genomics Chromium: transcriptoma + repertório
pareado TCR/BCR + proteoma superficial na mesma célula;
3. Sequenciamento Illumina NovaSeq.

3. Demandas de infraestrutura compartilhada

Essas metodologias dependem de:
- FACS sorter (citometria preparatória) com operador dedicado;
- Acesso ao Chromium Controller (hoje no Hemocentro-FMRP);
- Sequenciamento NovaSeq em regime multiusuário (Hemocentro-FMRP);
- Ultrafreezer -86°C, refrigerador 2-8°C, biorepositório de N2 líquido;
- Cabine de fluxo laminar, centrífugas (incl. microtubos 15.000 rpm) e
infraestrutura básica de cultura;
- Armazenamento e processamento de dados single-cell (ordem de TB por
projeto, computação de alto desempenho).

Coloco-me à disposição para discutir essas demandas na reunião de amanhã.

Atenciosamente,

*Thiago Yukio Kikuchi Oliveira*
Professor Doutor | Departamento de Genética
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto — USP
Laboratório de Biologia Integrativa e Computacional (LBIC)
----------------------------------------------------------------------------------
📧 tyoliveira em usp.br
🔗 Lattes <http://lattes.cnpq.br/5144797474156835> | Google Scholar
<https://scholar.google.com/citations?user=Stvi-90AAAAJ> | ORCID
<https://orcid.org/0000-0002-2654-0879>
----------------------------------------------------------------------------------

On Wed, Sep 2, 2026, 14:41 secgen USP <secgen em fmrp.usp.br> wrote:

> *FAVOR CONFIRMAR O RECEBIMENTO *
>
> Prezados(as) Docentes do Departamento de Genética,
>
> Com o objetivo de otimizar nossa infraestrutura e responder de forma mais
> eficiente às necessidades de Ensino, Pesquisa e Extensão, pedimos que todos
> apresentem suas demandas técnicas com base em suas linhas de pesquisa *(tipos
> de experimentos e metodologias)*. Salientamos que é essencial, que os
> docentes que não tenham funcionários no momento respondam essa mensagem.
>
> Aproveitando este contato, gostaríamos que os docentes que queiram
> apresentar propostas alternativas à criação dos *NAEs *(Núcleo de
> Atividades Especializadas) compartilhem conosco suas propostas para
> levarmos também a todos os funcionários do departamento.
>
> Pedimos que as demandas técnicas e propostas sejam enviadas *até o dia 10
> de setembro*. Após essa data, o professor que não se manifestar não terá
> sua proposta avaliada pelos funcionários.
>
> Sua participação é fundamental para construirmos uma estrutura mais
> integrada e alinhada aos desafios do nosso Departamento.
>
> Atenciosamente,
>
> Grupo de Trabalho
>
> --
> _______________________________________________
> ldocd mailing list
> ldocd em listas.fmrp.usp.br
> http://listas.fmrp.usp.br/mailman/listinfo/ldocd
>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: http://listas.fmrp.usp.br/pipermail/ldocd/attachments/20260910/da5de0ef/attachment-0001.html