[LDOCD] Reestruturação do Departamento de Genética e Demandas Técnicas

[Israel Gomy]

Boa tarde a todos(as).

Em resposta à mensagem enviada no dia 02-9-26, seguem as minhas demandas
técnicas e analíticas em consonância com a minha linha de pesquisa prevista
(Biópsia líquida em síndromes de câncer hereditário):

1. Extração e purificação de DNA livre circulante de amostras de sangue
periférico a partir do plasma.
2. Preparação de bibliotecas de DNA livre de PCR para análises de
fragmentômica por sequenciamento de nova geração de baixa profundidade
(low-pass ou shallow WGS) para protocolos com DSP (double-strand protocol)
and SSP (single-strand protocol).
3. Análise de metilação por técnicas como Methylation EPIC array, WGS
5-Base, e cfMeDIP-seq (cell-free methylated DNA immunoprecipitation
sequencing)
3.1 extração do DNA a vácuo (para cfMeDIP-seq)
3.2 preparação de bibliotecas para enriquecimento de 5-metil citosina  e
análise das DMR (differentially methylated regions). Protocolo unificado
com sWGS (∼40 ng cfDNA).
4. Análise multimodal (multiômica) por bioinformática (nível técnico TT-4A)
4.1 Análise de alterações genéticas (SNV, indels, CNVs) e epigenéticas
(padrões de metilação)
4.2 Genome fragmentation score
4.3 Treinamento de algoritmos por LLM (pacote R caret (v6.0-92), pacote R
pROC (v1.18.0),logistic regression [glm], k-nearest neighbor [knn], support
vector machine [svmRadial], random forest [rf], and gradient boosted
machine [gbm]).

Fico à disposição para quaisquer esclarecimentos.
Atenciosamente,


Em qua., 2 de set. de 2026 Ã s 15:41, secgen USP <secgen em fmrp.usp.br>
escreveu:

> *FAVOR CONFIRMAR O RECEBIMENTO *
>
> Prezados(as) Docentes do Departamento de Genética,
>
> Com o objetivo de otimizar nossa infraestrutura e responder de forma mais
> eficiente às necessidades de Ensino, Pesquisa e Extensão, pedimos que todos
> apresentem suas demandas técnicas com base em suas linhas de pesquisa *(tipos
> de experimentos e metodologias)*. Salientamos que é essencial, que os
> docentes que não tenham funcionários no momento respondam essa mensagem.
>
> Aproveitando este contato, gostaríamos que os docentes que queiram
> apresentar propostas alternativas à criação dos *NAEs *(Núcleo de
> Atividades Especializadas) compartilhem conosco suas propostas para
> levarmos também a todos os funcionários do departamento.
>
> Pedimos que as demandas técnicas e propostas sejam enviadas *até o dia 10
> de setembro*. Após essa data, o professor que não se manifestar não terá
> sua proposta avaliada pelos funcionários.
>
> Sua participação é fundamental para construirmos uma estrutura mais
> integrada e alinhada aos desafios do nosso Departamento.
>
> Atenciosamente,
>
> Grupo de Trabalho
>
> --
> _______________________________________________
> ldocd mailing list
> ldocd em listas.fmrp.usp.br
> http://listas.fmrp.usp.br/mailman/listinfo/ldocd
>


-- 
Prof Israel Gomy MD Msc PhD
Departamento de Genética - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP
Serviço de Genética Médica - Hospital das Clínicas - FMRP-USP
+55(16)3602-2598 <+55%2016%203602-2598>
igomy em usp.br
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